此时，大多数人都不知道就在《四库全书》藏于永登连城保管时，另一项择地保管的工作正在秘密而紧张地进行着。原因是，作为临时战备库的鲁土司衙门毕竟距兰州较远，交通不便，而大经堂及周围建筑均为木质结构，不利于防火，长期存放有隐患。原文化部在拨交文溯阁《四库全书》给甘肃的文件中有这样一段话：“这部书是国宝……这部书运到你省后，在保管上要特别注意防潮、防腐、防虫、防火、防盗，同时不得借阅，以保证图书的安全。”这段话也成为《四库全书》当时存放的总原则。文溯阁《四库全书》存放地点的选定同样经历了曲折的过程。

　　据档案记载，省文化局曾组织专家考察了兰州、天水、永靖、靖远等适合存放的地点后，由于存放条件不够理想而被一一否决。经两年多的实地勘察和反复论证后，本着“靠山隐蔽，少占土地”的原则，综合考虑当地的政治环境、自然气候条件和交通道路等多种因素，专家们最终选定距离兰州60多公里的榆中县甘草店靠山之处，为新的书库地址。1970年，甘肃省财政拨款17.5万元开始建设文溯阁《四库全书》专库。年底，战备书库落成。

　　1971年6月，《四库全书》在鲁土司衙门存放了4年零8个月后，又被秘密地运至榆中县甘草店的专库。甘草店专库占地面积30亩，建筑面积2400多平方米。1月平均气温6.8摄氏度，7月最高气温23摄氏度左右，年平均降水量323.05毫米，在保存纸质材料方面有着得天独厚的条件。书库设计充分考虑了发生战争时《四库全书》的安全问题，主体建筑分为地上、地下两层，平时存放在地上一层，战时使用升降设备可以迅速转移到地下。书库竣工后，省财政厅又追加投资，拓宽了一条通往公路的便道，修筑了围墙和消防蓄水池，打了机井，配置了大功率发电机，使书库的各种设备趋于完善。从此，这里就成了文溯阁《四库全书》来甘肃后的第二个家。

　　在当时，只有很少的人知道被称为“版本图书馆”的甘草店专库。

　　藏在深山人未识。文溯阁《四库全书》在榆中甘草店存放了长达34年之久。

　　一部巨著结束迁徙

　　到了20世纪90年代，文溯阁《四库全书》的文化研究价值越来越引起人们的重视，甘草店战备书库早已完成了其特定的历史使命。为了优化文溯阁《四库全书》的藏书环境，应给它找一处永久的安居之所。1999年5月，甘肃省人民政府在甘草店书库就《四库全书》安全保管和书库新建问题召开现场办公会，作出在兰州立项建设新馆的决定。2001年12月18日，列入甘肃省“十五”规划和文化建设标志性工程的文溯阁《四库全书》藏书楼，在兰州市北山九州台奠基。九州台东西有黄土梁环抱，藏书楼坐北向南依山而建，能有效地抵御沙尘，前方视野开阔，周边绿化环境，污染指数较低，空气干燥，是理想的藏书之所。新建文溯阁《四库全书》藏书楼还借鉴了文津阁、文澜阁的特色，在外观与主体结构上保留着与原有诸阁一致的仿清建筑风格，采用现代化的技术手段，完全是按照国家特级文物的馆藏标准和安全规范建设。

　　2005年，文溯阁《四库全书》全部装入新制作的香樟木书箱，井然有序地被搬进了九州台藏书楼中。至此，甘肃最终成为这部饱经患难的文溯阁《四库全书》的第二个故乡。

　　自清乾隆四十七年（1782年），这部缮写好的第二部《四库全书》被运抵清朝肇兴之地的盛京文溯阁之后，曾经历了数次的迁徙。

　　1914年，北洋政府命令将盛京皇宫古物运送北京陈列，奉天督军段芝贵将文溯阁《四库全书》也运抵北京。这是第一次书、阁分离。但书运到北京后并未得到妥善保管，由于卷帙浩繁，找不到合适的存放地，只好弃置故宫保和殿。这样一放就是十几年。

　　1925年6月，奉天教育会会长冯广民赴京看见文溯阁《四库全书》被冷落一隅，便求助于张学良等人希望将书重新运回沈阳。随后这部书由冯广民押运返回奉天，由于文溯阁被占用，只能存放在省公署一楼后厅，再转放文庙大成殿。1927年文溯阁经过修缮，《四库全书》得以复藏。

　　1950年6月，《四库全书》又被运出沈阳，运往黑龙江省讷河县的一座小学校里保管。1952年因讷河水患，全书又被运到黑龙江北安县存放。1954年1月，这部书第三次被运回沈阳。