对农业工程建设和运行实行管理的总称。农业工程管理分为工程项目管理、生产运行管理和宏观管理三种，各种管理的对象、目的、内容、方法各不相同。
农业建设项目管理 指对农业建设项目活动的全过程实行管理，主要目的在于保证和提高建设项目的效益和工程建设的质量。管理重点放在建设前期的投资决策和建设时期的按设计方案施工，并以这两方面为中心，形成一套管理的程序、内容和方法(见农业建设项目管理)。
农业工程运行管理 农业工程建成投产后，对工程运行的管理。以保证工程运行质量为管理的中心任务，使工程保持正常功能，降低运行消耗，延长使用寿命，保护人员与设备安全， ......
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