生活在人、畜肠道中的细菌、真菌和原生动物等微生物的总称。其中有常居于肠道的土著菌群及暂栖的过路菌。这些微生物与大生物之间形成微生态系。

分布 肠道内微生物的组成极为复杂，其种类和数量随动物种类、年龄和饲料等的不同而有差异。即使同一动物，肠道的不同部位菌群生态差异亦很大。小肠部位，尤其是上部，由于各种消化液的杀菌作用，微生物种类及数量均很少，仅存少量革兰阳性菌(如乳酸杆菌)和酵母菌等。大肠内，由于消化液的杀菌作用减弱，营养丰富，条件适宜，故存在着大量各种微生物，大约有300多种，主要为细菌。主要菌群为：双歧杆菌属(Bifidobacterium)、乳杆菌属(Lactoba ......