主要指确定基因所在的染色体及其在染色体上的位置。基因定位的方法，因生物类型的特点不同而异，大致可分为染色体水平上和分子水平上的基因定位两类。

高等动、植物的基因定位

三点测验法 1911年摩尔根(T. H.Morgan)提出把交换值作为度量基因间的遗传距离。1913年斯特蒂文特(A.H.Sturtevant)首先用于果蝇的基因定位。三点测验法是用一次杂交和一次测交确定3对基因的位置。例如玉米籽粒凹陷、非糯、有色的品种(sh++/sh++)与饱满、糯性、无色的品种(+wxc/+wxc)杂交，F1(sh++/+wxc)与隐性品种(shwxc/shwxc)测交，所得测交子代的表型(见表1)。三基因之间的交换值可计算如下：

表1 玉米的三点测验

sh和wx的重组率=(626+6 ......