水环境仍是福建最普遍的主要环境问题，水中污染物以有机污染为主。由于微量有害有机物含量增加、饮用水源受污染日益严重，人们越来越重视使用水水质。部分饮用水源被迫迁移。地下水和温泉水水质虽然基本保持良好，但由于开采强度过大，引起地下水位下降。
福建工业废水的排放量相当大，据调查，每天约产生175万吨的废水，有1/3以上的废水未经处理就直接排放，使农业引灌、渔业养殖水系和耕地受到程度不同的污染。随着工业的迅速发展，工业废水排放量还会继续增加，由于防污设施和技术跟不上生产发展速度，对农业生产发展的危害也在增加。
乡镇企业废水排放量占全省工业废水排放 ......
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