用于分析鱼类遗传表型差异的标志。即使在重组合情况下，亦能识别出是由哪些特定基因表达的表型差异。可作为遗传标记的都是同一个基因座位上具有控制多个不同表型的各个等位基因，即具有多态性的基因座位。

中国在金鱼的养殖中，很早就以体色的表型差异推断其基因型。以普通金鱼和透明金鱼杂交出现半透明五花金鱼，从体色的表型差异十分容易区别出哪些个体带有控制普通鳞的基因(t)和控制透明鳞的基因(T)。鲤的体色也是遗传标记。中国的鲤品种有青灰色和桔红色两种不同的颜色。桔红色的表型由两对隐性等位基因(rrbb)控制， 青灰色的表型由两对显性等位基因(RRBB)或杂合等位基因(RrBb)控 ......