一个国家或地区设置专门机构， 制定专门法规， 对进出本国或本地区的农作物种子(包含苗木、块根、块茎等)进行检疫， 以防止危险性病原菌、害虫、线虫、杂草种子等随种子传入或输出的措施。是植物检疫的重要组成部分。

世界许多国家对种子检疫均很重视， 根据各国情况制定出各自的检疫法规和检疫对象名单。一般而论，凡能随种子苗木远距离运输传播并在国内(或地区内)尚未发现或分布不广的， 或对农作物危害很大而不易防治或消灭的有害生物均应属检疫对象。

中国于1957年10月颁布了 “国内植物检疫对象名单”，其中大田作物病害有： 水稻白叶枯病、水稻干尖线虫病、水稻恶苗病、小麦 ......