留种畜群某性状的平均值与全群该性状的平均值之差。计算选择差的公式是：
式中 S为选择差;为留种畜群某性状的平均值;为全群该性状的平均值。选择差是畜禽选种的重要参数之一，留种群个体的生产性能越高，选择差越大，对下一代群体的改进也越有效。但选择差越大，留种群中个体的数量越少，影响繁殖扩群，有时还会造成较高程度的近交。选择差的大小受群体留种率和性状标准差的影响：留种率越高选择差越小;标准差越大选择差越小(图)。选择差与留种率及标准差的关系
图中 (a)表示留种率50%，标准差2单位时，选择差S=1.6单位;(b)表示留种率20%，标准差2单位时，选择差S=2.8单位;(c)表示留种率20% ......
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