无性孢子或配子具有鞭毛并能在水中游动的一类真菌。鞭毛菌多数水生，少数两栖或陆生。其营养方式有腐生、寄生、专性寄生和共生。寄生于藻类、蕨类、种子植物、鱼类、水生小动物以及其它水生真菌上，引起不同程度的损失。腐霉可转化甾体;链壶菌可用于植物病害的生物防治;绵霉可测定抗癌物质;水霉可测定和鉴定污水;异水霉和小芽枝霉为研究真菌的形态建成提供工具。鞭毛菌还可作为研究真菌演化的理想材料。一般常用诱饵法搜集鞭毛菌，如用果实、种子、枝条、花粉、皮革、毛发、玻璃纸、昆虫等诱捕，也可将水样、土壤和其他有机体残骸，稀释后加诱饵进行分离，煮沸的大麻籽和果蝇 ......
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