病原细菌的特性在遗传物质水平上发生改变引起某些相应性状的变化。这种变异性可以遗传。植物病原细菌变异后的表型可分为形态变异、生理变异和致病性变异。三种类型互相联系，一种细菌可能同时发生两种以上的变异。
形态变异 细菌细胞形态，如鞭毛、芽孢、荚膜的有无等发生变化或引起菌落形态改变。这种形态变异往往伴随着生理或致病性变异。在TTC培养基上，青枯病假单胞菌致病性强的菌株，平板上菌落白色，中间粉红色;丧失致病性的菌株，菌落深红色。在自然界和实验条件下得到的解淀粉欧文氏菌和青枯假单胞菌的无荚膜突变体，进入寄主植物后被原纤维物质包围并被固定在寄主体 ......
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