主要是随食物进入寄主体内，在寄主的组织或细胞内繁殖，导致寄主解体，以至死亡。微孢子虫要依靠寄主提供能量，是一种慢性杀虫剂。寄主一般在感染后一星期至数月才死去。还可能由于肠道中的细菌随极丝穿刺或穿过解体的肠上皮细胞而进入血腔繁殖，引起败血症而死亡。
植食性昆虫取食时将孢子同时摄入，而双翅目昆虫如蚊虫则经卵传播。主要侵染消化道和脂肪体，但亦感染马氏管、血细胞、肌肉组织和生殖系统等。随食物进入寄主中肠的孢子，受刺激后翻出它的结构坚硬的极丝，刺透围食膜和肠上皮细胞。具核的孢原质通过极丝空腔被释放至血腔。孢原质在血腔中移向脂肪体或由极丝直 ......
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