农业综合性开发项目涉及到各有关地区和部门。为了便于项目的有效组织领导和管理，自治区、地、县三级均设置管理机构。
自治区成立了由常务副主席和主管农业副主席任正、副主任、自治区有关厅局领导为成员的世界银行贷款项目协调委员会，为项目的管理决策机构。委员会下设执行办公室，负责处理项目业务工作。与项目关系密切的水利厅、农业厅、畜牧厅也相应成立了项目办公室，负责协调本行业项目任务的完成和技术指导工作。
喀什、阿克苏2地区和9个项目县均成立了项目管理机构，负责管理本地、县的项目实施。塔里木河治理前期准备项目，由隶属于自治区水利厅的塔里木河流域管理 ......
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