利用酶或细胞、细胞器等所具有的催化功能，借助于工程学手段提供产品并应用于工农业生产、环境保护以及医学临床诊断和监测等方面的一门技术。包括酶的分离提纯技术，酶的开发和利用，酶制剂生产，固定化酶和固定化细胞技术的开发和利用，酶反应器的研究与设计，酶电极的研究和利用，以及酶分子的修饰、改造技术，酶抑制剂和激活剂的研究、开发，酶的人工模拟和具有催化功能的大分子合成等。
酶的分离和提纯 这是酶的生产和应用的一个关键问题，也是酶工程的中心环节。
各种酶类的开发和生产 这些酶类主要包括工业用酶和农业用酶，如食品工业、化学工业、能源工业、环境净化、 ......
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