按GB3838-88地面水环境质量标准评价水资源质量，Ⅰ～Ⅲ类水水质为优和良好，Ⅳ类水已受较重污染，Ⅴ类和超Ⅴ类已受严重污染。
金沙江水系：干流上游水质良好，符合Ⅱ类好水。中下游为云南、四川界河，受到污染，水质变差。支流漾弓江丽江段、龙川江楚雄、元谋段、螳螂川、新庄河华坪段水质污染严重，达到Ⅳ～Ⅴ类，其他河流多为Ⅱ～Ⅲ类水，无污染或有轻度污染。
南盘江水系：南盘江干流的沾益、曲靖、陆良、宜良及开远泸江汇入后的下游段污染相当严重，达Ⅳ～Ⅴ类，甚至超过Ⅴ类。南盘江干流大部分河段水质都很差和较差。支流泸江开远段污染相当严重，水质超Ⅴ类，主要污染物是 ......
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