1989年以前，安徽渔船渔港监督管理、渔船检验工作由交通部门办理。1990年10月，成立安徽省渔船渔港监督管理处，1991年2月起，安徽省渔船检验处与省渔船渔港监督管理处实行一个机构，两块牌子，为省水产局二级机构。随后，渔监和船检业务由交通部门移交渔业部门。1992年11月，在巢湖建立直属的巢湖中庙渔船检验站。

1992年3月，安徽省水产局制定了《安徽省渔业船舶检验暂行办法》和《安徽省渔业船舶登记暂行办法》;1992年9月，安徽省人民政府批准颁布《安徽省渔业船舶安全管理暂行办法》;1992年5月，安徽省物价局、安徽省财政厅、安徽省水产局发布了《安徽省渔业船舶登记收费暂行规定》， ......